L'architettura PAD è pensata per mantenere alti livelli di sicurezza in ogni processo, a partire dal rigoroso controllo della qualità assicurato e dalla gestione dei ruoli di chi è coinvolto nel progetto. I programmi interagiscono in automatico con il software gestionale, che viene aggiornato manualmente per le operazioni svolte dal personale.

Durante il conferimento PAD utilizza un dispositivo mobile criptato, riformattato e preparato prima di ogni utilizzo.

All'arrivo dei materiali, PAD attua le procedure di messa in sicurezza con il controllo manuale e automatico del fondo per verificare l'eventuale presenza di anomalie. L'integrità degli archivi viene controllata periodicamente con l'SHA-1 associato a ogni fondo, directory e file.

Le copie dei materiali dislocate nelle aree di trattamento e archiviazione hanno accessi diversficati; il controllo e il monitoraggio di ogni sito di conservazione è gestito localmente da un amministratore, in modo da garantire che il contenuto della rete non sia soggetto all’errore di un unico individuo. La conservazione delle copie di backup in banca è sotto la responsabilità di una persona diversa dall’amministratore del sistema.

Ogni fondo è autonomo rispetto agli altri, può essere completamente disattivato impedendo qualsiasi operazione su di esso. Questo tipo di architettura offre una maggiore garanzia anche per la gestione dei diritti d'accesso stabiliti dagli autori.