Le metodologie utilizzate da PAD per la preservazione si basano sui principi applicati della Distributed Digital Preservation. PAD utilizza un sistema di conservazione responsabile distribuendo copie di file digitali in tre diversi siti di conservazione: due nella sede centrale dell'Università di Pavia, e uno nella sede staccata di Cremona. Delle procedure automatiche analizzano periodicamente l'integrità dei file conservati.

Sebbene i supporti materiali di oggi non possano garantire una conservazione a lungo termine, si applica un'ulteriore strategia di preservazione masterizzando i dati dell'archivio su un DVD archival grade con strato metallico in oro, posto in busta sigillata in vuoto e conservato nel caveau di una banca.